En 1235, l’abbé remet ses droits de juridiction à l’empereur Frédéric II de Hohenstaufen, qui va transmettre ces droits aux habitants de la vallée. Munster devient ville impériale avec immédiateté d’Empire.
1287 est l’année de la confirmation de l’existence de la Communauté du Val St Grégoire qui comporte Munster et les neuf communes de la vallée. La communauté dispose à présent de son sceau « S. Communitatis Vallis Sancti Gregorii ». Au plus tard en 1287, la Ville de Munster est entourée de remparts, de tours et de portes fortifiées. Une forêt nommée Hag ou Haag, qui barre la vallée entre Gunsbach-Griesbach et Munster, avec le mur et fossé, protège cette dernière contre les agressions extérieures.
Le traité de Marquart signé entre la ville et l’abbaye en 1339 énumère dans les détails tous les droits de l’abbé et par conséquent toutes les servitudes auxquelles étaient assujettis les habitants du Val Saint-Grégoire.
En 1349, la peste bubonique ravagea la moitié de la population de la vallée.
Selon l’acte de fondation du roi Charles IV le 28 août 1354 fut créée la ligue des dix villes libres d’Alsace comprenant Munster, la Décapole, qui engage ces villes à se porter assistance en cas de conflits.
La moitié de la ville est détruite par un incendie en 1466.
